家庭教育指导师证书的发放机构一般是由相关的教育部门或者相关行业协会颁发，比如在中国，中国的教育学会和中国标准化研究院都有相关的证书考试。

中国的教育学会是负责全国教育人才的教育培训、科学研究、技术推广工作的专门性学会组织，拥有丰富的教育资源，可以提供专业的培训和指导。

中国的标准化研究院则是中国在教育领域进行研究的重要机构之一，其颁发的证书具有权威性和认可度。

也有一些专门从事家庭教育指导师培训的机构，他们提供的课程和服务通常更专业，更具针对性，更能满足不同人群的需求。

选择一个权威且专业的证书发放机构对于获得家庭教育指导师证书非常重要，也要根据自己的实际情况和需求，选择最适合自己的学习方式和课程。