理疗师证和按摩师证在性质上是不同的，两者属于职业资格证书，但它们的颁发机构不同。

理疗师证是由国家人力资源和社会保障部颁发的专业证书，主要适用于医疗机构、康复中心、养老院等相关场所进行理疗服务的专业人员，持有者需要通过一定的理论学习和实践训练，才能获得该证书，理疗师证也要求持证者具备一定的专业技能和服务态度。

而按摩师证则由各地方卫生健康委员会或相关行业协会颁发，主要适用于各类公共场所如美容院、健身房等提供按摩服务的专业人员，持有者通常需要参加相关的培训课程，并通过考试才能获得该证书，按摩师证也有特定的服务项目和范围限制，例如不能从事医疗类服务或者接受顾客的身体检查等。

虽然两者都是证明个人具有相关职业技能的证书，但在颁发机构、颁发对象、服务内容等方面存在显著的区别，理疗师证更强调的是服务技能和专业水平，而按摩师证则更注重从业者的道德规范和专业技术能力。