在昆明申请按摩师证的机构主要有以下几种：

1、昆明市人力资源和社会保障局职业技能培训鉴定中心：这是昆明市区内唯一一家专门提供按摩师技能等级考试和相关认证服务的地方。

2、昆明市美容美发协会按摩师培训班：该培训班是由昆明市美容美发协会主办的专业技能培训培训机构，专业教授各种按摩技巧。

3、昆明市肛肠医院：这家医院提供专业的肛肠治疗服务，同时也设有相关的培训课程，为想从事按摩行业的人员提供理论和实践的学习机会。

4、昆明市人民医院康复科：该科室提供的康复训练包括中医推拿、理疗等，也开设了按摩技术的相关课程。