中医康复理疗师的资格证书是由中国政府相关部门或者授权的专业机构进行颁发的，在中国，主要由人力资源和社会保障部（原劳动和社会保障部）以及中国针灸学会、中华中医药学会等专业协会来负责这项工作。

人力资源和社会保障部是国家主管就业、社会保障和人才工作的部门，其下设的职业技能鉴定中心，负责组织和实施包括中医康复理疗师在内的各类职业技能的鉴定工作，通过参加他们组织的统一考试，成绩合格者将获得由该部门颁发的“中医康复理疗师职业资格证书”，这是在医疗机构、养生保健机构等场所从事中医康复理疗工作的权威证明。

中国针灸学会和中华中医药学会作为全国性的学术团体，也在推广和发展中医康复理疗方面发挥着重要作用，他们会根据自身的行业规范和标准，对经过系统学习和实践的人员进行考核，通过后会颁发相应的“中医康复理疗技术等级证书”，这类证书虽然不是法定的职业资格证书，但在行业内具有很高的认可度。

还有一些教育培训机构也会提供中医康复理疗的培训课程，并在学员完成学业后颁发结业证书或专业技能证书，但这并不具备法律效力，不能替代官方的职业资格认证。

成为一名合法且专业的中医康复理疗师，需要通过正规渠道获取权威的资格认证，这既是对患者健康权益的保护，也是对自身职业发展的负责任表现。